3. Lig 1. Grupta adını ve renklerini değiştiren Van Belediyespor, Belediye Vanspor adıyla kırmızı-siyah renklere dönüşerek, mücadele etmiş ve 2007-2008 sezonunda grubunda şampiyon olarak 2. Lig'e çıkmıştır. 2010-2011 sezonu sonunda tekrar 3. Lig'e düşmüştür.
2011-2012 sezonu itibarıyla, Van Depremi nedeniyle iç saha maçlarını İstanbul'da oynadı. 2012-2013 sezonunu yıkılan Van Atatürk stadının yerinde yapılan 2000 kişilik stadda oynamıştır.
9 Mart 2014 tarihinde yapılan genel kurul sonucunda Belediye Vanspor olan kulübün ismi Van Büyükşehir Belediyespor olarak değiştirilmiştir.
2018-19 3. Lig 2. grupta yer alan Van Büyükşehir Belediyespor Feyyaz Uçar ile başladığı sezonda 17. haftanın ardından Hasan Erkin Şimşir yönetiminde ligde mücadele etti. 34 maçta 16 galibiyet, 12 beraberlik ve 6 mağlubiyet aldı. 60 puan toplayarak grubunu 3. tamamladı ve play-off oynamaya hak kazandı. Play-off yarı finalinde Karşıyaka'yı 0-0 ve 2-1'lik maçlar sonucunda eledi. Eryaman Stadyumunda oynanan final maçında Esenler Eroksporla karşılaşan Van Büyükşehir Belediyespor, Batuhan Er'in 13. dakikada attığı golle 1-0 öne geçti Efe Can Çölbekler'in 76. dakikadakı golüyle rakip takım eşitliği yakaladı. Maçın 88. dakikasında Batuhan Er'in penaltı golü ile 2-1'lik üstünlüğü yakalayan Van Büyükşehir Belediyespor 8 sezonun ardından 2. Lig'e yükseldi.2019-20 sezonu öncesinde olağanüstü kurul kararı ile Van Büyükşehir Belediyesi bünyesinden çıkarak Vanspor Futbol Kulübü adını aldı ve logosunu da buna uygun olarak değiştirdi.[Bunun üzerine Büyükşehir Belediyesi bir duyuru yayınlayarak kulüpten desteğini çektiğini açıkladı.
12 Aralık 2023 tarihinde teknik direktörlük görevine Murat Yıldırım getirildi.30 Aralık 2023'te Ümit Bozkurt takımın yeni teknik direktörü oldu. Vanspor FK, 1 Haziran'da Kayseri'de oynanan maçta Batman Petrolspor'u penaltı atışları sonucu 5-4 yenerek, bu sezon 1.Lig'e çıktı.